就在美軍的塞班島登陸戰進行得如火如荼的時候，作爲聯合艦隊主力的第1機動艦隊也正在向着馬里亞納羣島步步逼近。其實早在6月9日，日軍偵察機就發現停泊在馬朱羅島港口裏面的大批美艦忽然失蹤，由此可以斷定美軍即將發動一場大規模的進攻，豐田副武在第二天就命令各個部隊做好戰鬥準備，但是直到這個時候，豐田副武仍然還是認爲美軍的主攻方向是新幾內亞羣島西北部和加羅林羣島西部，於是決定把帕勞羣島海域作爲決戰地域。6月11日，第58特混艦隊開始空襲馬里亞納羣島，豐田副武認爲這只是美軍的牽制性行動而已，並沒有給予足夠的重視。直到6月13日，美軍戰列艦編隊出現在塞班島西部海域，並且開始炮擊塞班島，豐田副武這才意識到美軍的真正意圖就是馬里亞納羣島。
突如其來的變故猶如當頭棒喝，使豐田副武從一廂情願的美夢之中被驚醒，讓他惶恐不已。由於之前對於美軍主攻方向的判斷失誤，原本駐紮在馬里亞納羣島的許多航空兵部隊都已經被調到了南邊的加羅林羣島，還有東邊已經被美軍困死的特魯克島，馬里亞納羣島的岸基航空兵力量遭到了相當大程度的削弱。而且由於沒有能夠把握住美軍的進攻時機，原定用於“阿”號作戰的“大和”號、“武藏”號2艘超級戰列艦也已經在幾天之前駛離塔威塔威羣島基地，準備前往新幾內亞的比阿克島炮擊美軍灘頭陣地。鑑於情況緊急，豐田副武在13日下午就立刻命令暫停在新幾內亞羣島正在進行的“渾”號作戰，各部隊開始準備實施“阿”號作戰，同時命令第1機動艦隊和第5岸基航空隊調去參加“渾”號作戰的部隊火速迴歸原來的建制。
隨着豐田副武的一聲令下，“阿”號作戰在忙亂之中火速展開：第5岸基航空隊南下支援加羅林羣島的航空兵立刻做好返回馬里亞納羣島參戰的準備；從橫須賀鎮守府的海軍航空兵部隊之中抽調120架飛機組成八幡航空隊調往硫磺島駐紮，隨時準備南下支援馬里亞納羣島；第1機動艦隊立刻從塔威塔威羣島出發，開赴馬里亞納羣島海域準備和太平洋艦隊進行決戰；已經出發的“大和”號和“武藏”號迅速改變航向，駛往菲律賓東部海域，和第1機動艦隊主力會合。
正所謂君子不立危牆之下，所以豐田副武這次決定不學他的前輩山本五十六那樣，坐在戰列艦上面親赴戰場，他選擇了回到位於東京的聯合艦隊司令部，在那裏居中調度，統籌全局，希望能夠做到像司馬遷說的那樣“運籌於帷幄之中，決勝於千裏之外”。至於戰場上面的前線指揮權，豐田副武便全權下放給了小澤治三郎，本來統帥聯合艦隊主力部隊和太平洋艦隊決一死戰，這幾乎是每一個小日本海軍軍官夢寐以求的事情，但是在如今大敵當前，而聯合艦隊偏偏又江河日下的時候，如此艱鉅的任務對於初掌帥印的小澤治三郎來說，無異於一個燙手山芋。
但是，對於軍人來說，困難絕對不是放棄的藉口，而身爲小日本軍人的小澤治三郎更加不能例外。雖然日美雙方兵力對比十分懸殊，但是日軍也不見得就一定是毫無勝算，歷史上面以少勝多、以弱勝強的例子就不勝枚舉。經過一番對雙方實力態勢、優勢特點的仔細分析，小澤治三郎和他的參謀們提出了一套被稱爲“穿梭轟炸”的戰術。單單從日美雙方的兵力對比我們就可以很明顯地發現第58特混艦隊的攻擊能力要遠遠超過第1機動艦隊，而且日軍那些由改裝而來的雜牌航母（小日本很多航母都是由巡洋艦和戰列艦改裝而來，並不是專門設計建造）也很難經受住美軍飛機的狂轟濫炸，但是如果第1機動艦隊能夠一直處在美軍艦載機的攻擊半徑之外發動攻擊，那麼第58特混艦隊在攻擊能力上面的優勢就將完全被距離所抵消，這正是小澤治三郎的“穿梭轟炸”戰術所要達到的目標。,
其實這種所謂的“穿梭轟炸”戰術並非小澤治三郎的“原創”，因爲早在1942年的瓜島戰役後期，美軍的航母特混艦隊就曾經利用瓜島亨德森機場，擴大了艦載機的作戰半徑。當時，美軍特混艦隊遠遠地呆在瓜島東南方向的安全海域，讓艦載機在超出作戰半徑的地方進行搜索或者作戰，燃料耗盡之後就飛往瓜島降落，加油之後再重新參戰或者返回航母。受到美國人的啓發，巧婦難爲無米之炊的小澤治三郎現在也只能採取這種不是辦法的辦法，因爲日軍在馬里亞納羣島上面擁有航空兵基地，所以第1機動艦隊的艦載機可以在作戰半徑的極限航程上面對美軍艦隊發動攻擊，如果之後燃料不足以返回航母，艦載機就可以飛往附近馬里亞納羣島的機場降落，在補充燃料彈藥之後，艦載機就可以再次攻擊美軍艦隊，然後再返回航母降落。
6月13日，小澤治三郎率領着第1機動艦隊除參加“渾”號作戰以外的其它艦隻從塔威塔威羣島出發，準備前往位於菲律賓西部的吉馬拉斯島繼續完成戰前訓練，但是在航行途中他就收到豐田副武發來的關於實施“阿”號作戰的命令。小澤治三郎只能一邊率領第1機動艦隊主力兼程北上，一邊命令宇垣纏海軍中將率領參加“渾”號作戰的艦隻火速返回。
小澤治三郎率領第1機動艦隊主力於14日黃昏時分抵達吉馬拉斯島，立即連夜進行補給作業。15日上午9點鐘，豐田副武向小澤治三郎發來電報：“今日清晨，一支強大的米國軍隊已經開始在塞班島進行登陸，第1機動艦隊一定要在‘阿’號作戰之中與敵決戰，在馬里亞納羣島海域徹底殲滅米國艦隊和艦載航空兵。”在收到豐田副武的指令之後，小澤治三郎立刻率領第1機動艦隊離開吉馬拉斯島，穿過聖貝納迪諾海峽，開始進入菲律賓海。
16日下午3點鐘左右，小澤治三郎率領的第1機動艦隊主力和宇垣纏率領的先前南下的“大和”號、“武藏”號在菲律賓中部的薩馬島以東海域會合。小澤治三郎把會合之後的兩支艦隊統一混編成第1、2、3航空戰隊，第1航空戰隊由小澤治三郎親自指揮，擁有3艘重型航母“大鳳”號、“瑞鶴”號、“翔鶴”號以及3艘巡洋艦、9艘驅逐艦，艦載機214架；第2航空戰隊由城島高次海軍少將指揮，擁有2艘重型航母“隼鷹”號、“飛鷹”號，1艘輕型航母“龍鳳”號，1艘戰列艦、1艘重巡洋艦、10艘驅逐艦，艦載機135架；第3航空戰隊由慄田健男海軍中將指揮，擁有3艘輕型航母“千歲”號、“千代田”號、“神鷹”號（歷史上這裏本來應該是“瑞鳳”號，但是因爲由於喬治的出現，“瑞鳳”號已經被擊沉，所以用“神鷹”號代替），包括“大和”號和“武藏”號在內的4艘戰列艦、9艘巡洋艦、12艘驅逐艦，艦載機90架。
第1機動艦隊在行進過程之中，慄田健男率領的第3航空戰隊始終處在隊伍最前方，因爲小澤治三郎給第3航空戰隊分配的任務就是擔任誘餌，引誘美軍航母進攻已經暴露的目標，然後在時機成熟的時候以戰列艦編隊衝入敵陣之中與之進行炮戰。這就是爲什麼第3航空戰隊集中了4艘戰列艦和9艘巡洋艦的原因所在，而第1、2航空戰隊則在位於第3航空戰隊後面西南方向大約100海裏的地方進行跟進，以便隨時策應前衛部隊，同時伺機向美軍艦隊發動大規模空中攻擊。,
17日下午3點30分，第1機動艦隊的所有軍艦進行了戰前的最後一次海上加油，並且完成了最後的戰鬥準備。到了傍晚時分，小澤治三郎命令補給船隻西撤，自己則率領9艘航母（共計搭載439架艦載機）、5艘戰列艦、13艘巡洋艦、31艘驅逐艦繼續向東前往馬里亞納羣島海域。不久之後，小澤治三郎就收到了由聯合艦隊司令豐田副武大將發來的，那封東鄉平八郎、山本五十六都曾經使用過的電文“皇國興廢，在此一戰，全體將士務須全力奮戰！”小澤治三郎隨即就把這封電報通報給第1機動艦隊全體官兵，並且在旗艦“大鳳”號航母的主桅杆上面升起了日本海軍最著名的z字旗，z字旗是30多年前的對馬海戰之中，日本海軍軍神東鄉平八郎在其旗艦“三笠”號戰列艦上面升起的戰旗，此後就成爲了日本海軍勝利的象徵。在每次出戰之前，艦隊旗艦都要升起一面z字旗，這已經成爲了太平洋戰爭時期日本聯合艦隊的慣例。z字旗的升起預示着艦隊即將發動進攻，同時也是想以東鄉平八郎在對馬海戰之中的勝利鼓舞士氣，在如今聯合艦隊每況愈下的情境之下，小澤治三郎這麼做無非就是想借這面旗幟重振士氣而已。
這一次，小澤治三郎吸取了中途島海戰的教訓，命令慄田健男事先派出了大量偵察機，在部隊前方實施偵察搜索，企圖和美軍艦隊保持一定的距離，避免與其短兵相接。小澤治三郎打的如意算盤是先由馬里亞納羣島的岸基航空兵先行攻擊美軍艦隊，殺傷大約三分之一的美軍航母兵力，然後再以日軍航母艦載機從遠距離起飛，攻擊美軍艦隊之後直接飛往馬里亞納羣島各個機場降落，在補充燃料彈藥之後再次起飛攻擊美軍艦隊，最後又飛回日軍航母降落。這種“穿梭轟炸”的戰術，可以最大幅度地延伸日軍艦載機的攻擊距離，增強其攻擊效果，同時還可以使日軍艦隊始終處於美軍飛機的攻擊半徑之外。
應該說，小澤治三郎的這個所謂的“穿梭轟炸”戰術從表面上看起來非常不錯，甚至可以說是天衣無縫。但是最讓小澤治三郎沒有想到的是，馬里亞納羣島上面的絕大部分岸基航空兵都已經被美軍飛機的空襲所摧毀，而負責防守馬里亞納羣島的齋藤義次陸軍中將爲了顧全陸軍方面的面子，竟然沒有把實際情況如實通報給小澤治三郎。如此一來，小澤治三郎的“穿梭轟炸”戰術，從一開始就犯了一廂情願的錯誤，從而失去了取勝的客觀基礎。
得知第1機動艦隊艦隊正在日夜兼程地向馬里亞納羣島趕過來，太平洋艦隊上上下下除了個別人員顯得有些憂心忡忡之外，其他人都高興得不得了，因爲他們早就盼望着能夠儘快和小日本聯合艦隊一決雌雄，想不到這一次他們居然傾巢而出了，這可是千載難逢的大好機會。當尼米茲將軍得知第1機動艦隊艦隊之中竟然就有當初曾經參加過偷襲珍珠港的“翔鶴”號和“瑞鶴”號2艘航母的時候，立刻眉開眼笑地對身邊的太平洋艦隊通信官詹姆斯?布坎南海軍上校吩咐道：“詹姆斯，你趕快發一份電報給寇蒂斯將軍，通知他在這次海戰之中，一定不能放過我們的死對頭。”
“死對頭？”布坎南上校不解地問道。
“是的，日本佬的‘翔鶴‘號和‘瑞鶴‘號2艘航母就是我們的死對頭，當初它們曾經參與過偷襲珍珠港的行動。”尼米茲將軍憤憤地說道。
“哦，我明白了，將軍，我這就去發電報。”布坎南上校說完就轉身欲走。
“慢着詹姆斯，先等等，還有一點，你告訴寇蒂斯將軍，我希望幾天之後就能夠收到他擊沉這2艘航母的告捷電報。歐洲戰場的盟軍現在已經在法國諾曼底登陸了，這是人類歷史上偉大的軍事壯舉，我們太平洋艦隊也不能比他們遜色，打好馬里亞納羣島這最後一次大海戰，戰爭結束之後我會邀請在這次海戰之中有功的官兵們，到東京去共進午餐。好了，就這些了，詹姆斯，你把這些話都寫到電文裏面去吧。”尼米茲將軍叫住布坎南上校又補充了幾句話。